Baumbach trat 1935 in die Luftwaffe der Wehrmacht ein und absolvierte seine Ausbildung zum Piloten. Aufgrund seiner außergewöhnlichen fliegerischen Fähigkeiten und seines strategischen Geschicks stieg er schnell in den Rängen auf und wurde im Laufe seiner Karriere zu einer führenden Figur in der deutschen Luftwaffe.

Während des Zweiten Weltkriegs diente Baumbach als Bomberpilot und Kommandeur mehrerer Luftwaffenverbände. Er zeichnete sich durch seine Tapferkeit und Entschlossenheit in zahlreichen Luftkämpfen aus und erlangte den Ruf eines erfahrenen und furchtlosen Fliegers.

Besonders bekannt wurde Baumbach als Kommandeur des „Kampfgeschwader 200“ (KG 200), einer geheimen Einheit der Luftwaffe, die für spezielle Aufgaben wie Aufklärung, Geheimdienstoperationen und Luftlandeoperationen eingesetzt wurde. Unter seiner Führung führte das KG 200 erfolgreiche Missionen hinter den feindlichen Linien durch und trug zur Effektivität der deutschen Luftwaffe bei.

Nach dem Krieg wurde Baumbach in alliierte Gefangenschaft genommen, aus der er jedoch später entlassen wurde. Er kehrte nach Deutschland zurück und lebte ein ruhiges Leben abseits der Öffentlichkeit. Trotz seiner militärischen Vergangenheit wurde er später für sein Engagement für die Versöhnung zwischen den ehemaligen Kriegsgegnern und für seine humanitären Aktivitäten anerkannt.

Werner Baumbach verstarb am 20. Oktober 1953 in Stuttgart, Deutschland. Sein Vermächtnis als einer der herausragenden Flieger des Zweiten Weltkriegs und als Symbol für Tapferkeit und Pflichterfüllung lebt jedoch weiter in der Geschichte der deutschen Luftwaffe fort.